Ecologie

Nous poursuivons également nos travaux sur l'écologie des champignons filamenteux à l'origine de ces infections respiratoires.

L'enquête environnementale que nous avons réalisée au domicile des patients atteints de mucoviscidose et colonisés par S. apiospermum a permis d'identifier les plantes en pot comme réservoir du champignon et comme une source possible de contamination des patients.

Néanmoins les milieux de culture alors utilisés manquaient de sélectivité et il est possible que d'autres réservoirs du champignon n'aient pas été détectés. Ce constat nous a amené à développer récemment une technique de PCR, ainsi qu'un milieu de culture hautement sélectif dénommé Scedo-Select III, méthodes qui seront appliquées dans une nouvelle enquête environnementale à la recherche d'autres foyers de S. apiospermum dans l'habitat. Ces méthodes seront également utilisées pour étudier la dispersion dans l'air des spores du champignon à partir des plantes en pot. L'habitat naturel des espèces du complexe S. apiospermum est également précisé dans le cadre de la thèse d’Abdelmounaim Mouhajir, mais des questions similaires se posent pour les autres espèces fongiques rencontrées dans la mucoviscidose.

Dans le cadre de l’étude des infections communautaires, des enquêtes seront réalisées au domicile de patients colonisés par P. jirovecii pour rechercher l'excrétion du champignon dans l'environnement domestique. L’enquête environnementale comprendra des prélèvements d’air à l’aide d’un impacteur en milieu liquide. P. jirovecii sera détecté par qPCR et génotypé dans les prélèvements pulmonaires sources et les prélèvements d’air par analyse multilocus.