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Groupe d’étude des interactions hôte-pathogène


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    Diagnostic moléculaire des dermatophytoses en médecine vétérinaire

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      Séparés par des virgules
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    • Thèse de Laetitia IMPARATO

    Cette thèse vise à développer une technique permettant la détection et l’identification directe des différentes espèces de dermatophytes à partir des prélèvements cliniques qui serait ensuite appliquée à l'étude épidémiologique des dermatophytoses animales pour lesquelles il existe encore très peu de données. Notre choix s'est porté sur la technique de PCR-TRFLP. Cette technique utilise des amorces fluorescentes générant de ce fait des amplifiats marqués à leurs extrémités, puis les amplifiats sont digérés par des enzymes de restriction et les produits de digestion sont analysés par électrophorèse capillaire à la recherche d'une signature moléculaire de l’espèce à identifier, définie par la taille des produits de digestion fluorescents.

    Après avoir défini le panel des espèces cibles et les espèces non cibles, des alignements multiples ont été réalisés à la recherche de séquences conservées chez les espèces cibles et spécifiques de ces espèces afin de définir deux amorces sens et antisens. Les séquences des produits d'amplification ainsi générés ont été analysées à la recherche d'enzymes de restriction qui produiraient des fragments terminaux de tailles différentes d'une espèce à l'autre. Enfin, du fait de la grande conservation des séquences nucléotidiques des amplifiats entre les différentes espèces cibles, les deux amorces sont marquées par des fluorochromes différents afin d’augmenter le nombre de données pour l’analyse. La technique ainsi définie a été validée sur des cultures pures des espèces cibles ou non cibles (discrimination entre espèces cibles, reproductibilité des profils électrophorétiques pour une espèce donnée, et spécificité de l'amplification), puis sur des prélèvements cliniques. Nous disposons aujourd'hui d'une méthode permettant à la fois la détection et l'identification directe des dermatophytes d'intérêt.

    Cette technique sera prochainement appliquée à des prélèvements cliniques issus de différentes populations animales et les résultats seront comparés à ceux obtenus par culture. Hormis le diagnostic individuel et collectif et la gestion du risque dans le cadre de champignons zoonotiques ou d’effectifs, les résultats devraient conduire à une meilleure compréhension de l’épidémiologie et de l’impact des dermatophytoses animales.